Como se describe en las preguntas, si veo un archivo en Unix, veo caracteres especiales en él como^M al final de cada línea, pero si veo el mismo archivo en eclipse, entonces no veo esos caracteres especiales.

¿Cómo puedo eliminar esos caracteres en el archivo, si estoy usando eclipse para editar el archivo, ¿tenemos que hacer cambios específicos en las preferencias de eclipse para el mismo?

Cualquier orientación sería muy apreciada.

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Sí, de hecho, fue un problema de transporte y el siguiente comando me ayudó a resolverlo:

dos2unix file1.sh>file2.sh yfile2.sh será el archivo y no tendrá ningún valor de carro.

Posiblemente podamos recibir advertencias como

could not open /dev/kbd to get keyboard type US keyboard assumed could not get keyboard type US keyboard assumed pero el siguiente comando suprimirá las advertencias:

dos2unix -437 file1.txt>file2.txt