¿Webpack babel config para el servidor y el cliente javascript?

Estoy tratando de descubrir cómo tener un único archivo de configuración de paquete web que funcione para transformar tanto el servidor (node.js) js como el cliente js con el preajuste es2015. Actualmente tengo que configurar específicamente "target: 'node'" para que procese correctamente los archivos basados en nodos. Si no lo hago, entonces webpack realiza la transformación en función del "objetivo predeterminado: 'web'". Luego informa errores porque el módulo 'mysql' que se importa claramente no funcionará para la web.

¿Cómo puedo unificar ambos en el mismo archivo de configuración para que el servidor y el cliente js se transformen por separado? ¿O necesito configuraciones separadas por completo?

Webpack.config.js de muestra

'use strict';

var path = require('path');
var webpack = require('webpack');

module.exports = {
  target: 'node',
  resolve: {
    root: path.resolve(__dirname),
    extensions: ['', '.js']
  },
  entry: [
    'babel-polyfill',
    './index.js',
  ],
  output: {
    filename: 'bundle.js'       
  },
  module: {
    loaders: [
      {
        test: /\.js$/,
        exclude: /node_modules/,
        loader: 'babel',
        query: {
          presets: ['es2015']
        }
      }
    ]
  }
};

Código js de muestra

import 'babel-polyfill';
import mysql from 'mysql';

class Test {
  constructor () {

  }

  get read () {

  }
};

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