Estoy tratando de usar una expresión regular con Scanner para que coincida con una cadena de un archivo. La expresión regular funciona con todos los contenidos del archivo, excepto esta línea:

DNA="ITTTAITATIATYAAAYIYI[....]ITYTYITTIYAIAIYIT"

en el archivo real, los puntos suspensivos representan varios miles de caracteres más.

Cuando el bucle que lee el archivo llega a la línea que contiene las bases, se produce un error de desbordamiento de pila.

Aquí está el bucle:

while (scanFile.hasNextLine()) {
   final String currentLine = scanFile.findInLine(".*");
   System.out.println("trying to match '" + currentLine + "'");
   Scanner internalScanner = new Scanner(currentLine);
   String matchResult = internalScanner.findInLine(Constants.ANIMAL_INFO_REGEX);
   assert matchResult != null : "there's no reason not to find a match"; 
   matches.put(internalScanner.match().group(1), internalScanner.match().group(2));
   scanFile.nextLine();
  }

y la expresión regular:

static final String ANIMAL_INFO_REGEX = "([a-zA-Z]+) *= *\"(([a-zA-Z_.]| |\\.)+)";

Aquí está el rastro de falla:

java.lang.StackOverflowError
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3360)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3362)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3362)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    ...etc (it's all regex).

¡Muchas gracias!