Esta pregunta ya tiene una respuesta aquí:

Dejo que hbm2ddl cree las tablas para mí (para fines de desarrollo), y las columnas están en orden inverso a los campos de la clase.

¿Cómo puedo hacer que cree las columnas en el mismo orden que la clase?

Creo que las clases Java no almacenan el orden de los campos, por lo que Hibernate simplemente no sabe cuál es el orden en la fuente (lo que parece lógico si pienso en casos más complejos).

Pero, ¿puedo al menos pedirle a Hibernate que coloque las columnas PK y FK como las primeras?

Hibernate 4.0.0 (JBoss AS 7.1.2) MySQL 5.1.x