Ejecute migraciones de Alembic en Google App Engine

Tengo una aplicación Flask que usa SQLAlchemy (Flask-SQLAlchemy) y Alembic (Flask-Migrate). La aplicación se ejecuta en Google App Engine. Quiero usar Google Cloud SQL.

En mi máquina corropython manage.py db upgrade para ejecutar mis migraciones en mi base de datos local. Dado que GAE no permite que se ejecuten comandos de shell arbitrarios, ¿cómo ejecuto las migraciones en él?