No se puede analizar un archivo .csv cargado con Flask

Estoy tratando de cargar un archivo CSV, trabajar en él para producir resultados y escribir (descargar) un nuevo archivo CSV que contenga el resultado. Soy muy nuevo en Flask y no puedo obtener un "adecuado"csv.reader objeto para iterar y trabajar. Aquí está el código hasta ahora,

__author__ = 'shivendra'
from flask import Flask, make_response, request
import csv

app = Flask(__name__)

def transform(text_file_contents):
    return text_file_contents.replace("=", ",")


@app.route('/')
def form():
    return """
        <html>
            <body>
                <h1>Transform a file demo</h1>

                <form action="/transform" method="post" enctype="multipart/form-data">
                    <input type="file" name="data_file" />
                    <input type="submit" />
                </form>
            </body>
        </html>
    """

@app.route('/transform', methods=["POST"])
def transform_view():
    file = request.files['data_file']
    if not file:
        return "No file"

    file_contents = file.stream.read().decode("utf-8")
    csv_input = csv.reader(file_contents)
    print(file_contents)
    print(type(file_contents))
    print(csv_input)
    for row in csv_input:
        print(row)

    result = transform(file_contents)

    response = make_response(result)
    response.headers["Content-Disposition"] = "attachment; filename=result.csv"
    return response

if __name__ == "__main__":
    app.run(host='0.0.0.0', port=5001, debug=True)

La salida del terminal es

127.0.0.1 - - [12/Oct/2015 02:51:53] "GET / HTTP/1.1" 200 -
127.0.0.1 - - [12/Oct/2015 02:51:59] "POST /transform HTTP/1.1" 200 -
4,5,6
<class 'str'>
<_csv.reader object at 0x105149438>
['1']
['', ,'']
['2']
['', '']
['3']
[]
['4']
['', '']
['5']
['', '']
['6']

Mientras que el archivo que leí es

¿Qué estoy haciendo mal para no obtener 2 listas que representan 2 filas cuando itero el objeto csv.reader?

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