He creado una aplicación JavaFX que puede ser ejecutada por su archivo jar. Sin embargo, si trato de ejecutarlo usando el paquete exe nativo, recibo dos ventanas emergentes:

com / npap / dicomrouter / Main - sin clase principal

no se pudo iniciar JVM

y la aplicación no se inicia.

Esta es mi clase principal (la mayor parte de su parte):

package com.npap.dicomrouter;

public class Main extends Application {
    ...
    public static void main(String[] args) throws IOException {

        try {
            JUnique.acquireLock(appId);
            alreadyRunning = false;
            log.info("application is going to start running!!!!");
        } catch (AlreadyLockedException e) {
            alreadyRunning = true;
            log.info("application is already running!!!!");
        }

        if (!alreadyRunning) {
            Application.launch(Main.class, (java.lang
            .String[])null);
        }


    }

    @Override
    public void start(Stage primaryStage) throws IOException {
        ...
        try {
            AnchorPane page = (AnchorPane) FXMLLoader.load(Main.class.getResource("FXMLDocument.fxml"));
            Scene scene = new Scene(page, initWidth, initHeight);
            primaryStage.setScene(scene);
            Platform.setImplicitExit(false);
            createTrayIcon(primaryStage);
            primaryStage.setTitle(appTitle);
            primaryStage.show();
        } catch (IOException ex) {
            log.log(Level.INFO, null, ex);            
        }
    }

Mi build.xml está configurado de esta manera:

<target name="-post-jfx-deploy">
    <fx:deploy width="${javafx.run.width}" height="${javafx.run.height}" 
              nativeBundles="all"
              outdir="${basedir}/${dist.dir}" outfile="${application.title}">
      <fx:application name="${application.title}" 
                      mainClass="${javafx.main.class}"/>
      <fx:resources>
          <fx:fileset dir="${basedir}/${dist.dir}"
                      includes="*.jar"/>
      </fx:resources>
      <fx:info title="${application.title}" 
               vendor="${application.vendor}"/>
    </fx:deploy>          
</target>

Estoy creando la aplicación (Java FX 2.1) usando Netbeans, de la manera descrita aquí:

https://netbeans.org/kb/docs/java/native_pkg.html

y tengo éxito, lly construyo y ejecuto otras aplicaciones javafx con el paquete exe nativo. También adjunto una captura de pantalla que muestra cómo declaro la clase del proyecto principal.

Así que supongo profundamente que este es un problema específico del proyecto. Durante la compilación en la consola obtengo:

The jar lib\hibernate-commons-annotations-4.0.2.Final.jar has a main class org.hibernate.annotations.common.Version that does not match the declared main com.xxxx.yyyy.Main
The jar lib\javassist-3.15.0-GA.jar has a main class javassist.CtClass that does not match the declared main com.xxxx.yyyy.Main
The jar lib\h2-1.3.176.jar has a main class org.h2.tools.Console that does not match the declared main com.xxxx.yyyy.Main

Además de estos frascos, utilizo varias otras clases que contienen métodos "principales" (son ejecutables).

@SuppressWarnings("unchecked")
public static void main(String args[]) throws Exception {
    ...

La mayoría de ellos son clases de utilidad de terceros.

También estoy agregando el contenido del archivo package.cfg solo para su información:

app.mainjar=DicomRouterAffidea0_2_2.jar
app.version=1.0
app.id=com.npap.dicomrouter
app.preferences.id=com/npap/dicomrouter
app.mainclass=com/npap/dicomrouter/Main
app.classpath=lib/antlr-2.7.7.jar lib/c3p0-0.9.2.1.jar lib/clibwrapper_jiio.jar .....
... //jars listing

Finalmente, adjunto 3 capturas de pantalla de la configuración de Bibliotecas, Compilación e Implementación de Netbeans. Espero que eso también pueda ayudar: