Estoy trabajando en un proyecto integrado de Linux. Nuestro proceso de creación crea una imagen que se muestra en un dispositivo. Muchos de nuestros archivos requieren propiedad de root para que el sistema funcione correctamente. Me encontré con un problema cuando traté de extraer y algunos de esos archivos se modificaron: git no podía escribir esos archivos, por lo que se restableció duro y sudo pull. Luego, cuando cambié de rama, decía "no se pudo desvincular ..." para todos esos archivos, pero cambió de rama de todos modos, luego, cuando intenté volver a la rama, no me dejaba porque tenía cambios locales.

Entonces no estoy haciendo algo bien; ¿Cuál es la forma correcta de lidiar con esto?