Actualmente estoy usandocaretEnsemble paquete en R para combinar múltiples modelos entrenados en caret. Tengo la lista de modelos finales entrenados (digamosmodel_list) utilizandocaretList funcionar desde el mismo paquete de la siguiente manera.

    model_list <- caretList(
    x = input_predictors, 
    y = input_labels, 
    metric = 'Accuracy',
    tuneList = list(
        randomForestModel =   caretModelSpec(method='rf', 
                                             tuneLength=1, 
                                             preProcess=c('BoxCox', 'center', 'scale')), 
        ldaModel = caretModelSpec(method='lda', 
                                  tuneLength=1, 
                                  preProcess=c('BoxCox', 'center', 'scale')),
        logisticRegressionModel =  caretModelSpec(method='glm', 
                                                  tuneLength=1, 
                                                  preProcess=c('BoxCox', 'center', 'scale'))
    ), 
    trControl = myTrainControl
)

El objeto de control del tren que proporcioné fue el siguiente:

    myTrainControl = trainControl(method = "cv", 
                              number = 10, 
                              index=createResample(training_input_data$retinopathy, 10),
                              savePredictions = TRUE, 
                              classProbs = TRUE, 
                              verboseIter = TRUE, 
                              summaryFunction = twoClassSummary)

Ahora estoy entrenando en esa lista de modelos como:

ens <- caretEnsemble(model_list)

Aplicandosummary enens me dice los modelos seleccionados (demodel_list), peso asignado a esos modelos seleccionados, fuera de muestraAUC valores para cada uno de los modelos seleccionados, y finalmente en la muestraAUC valores paraens.

Ahora quiero calcular el rendimiento deens en otros datos de prueba (para tener una idea sobre el rendimiento fuera de la muestra). ¿Cómo lo lograría?

Lo estoy probando como:

ensPredictions <- predict(ens, newdata = test_data)

pero me está dando un error como:

Error in `[.data.frame`(out, , obsLevels, drop = FALSE) : 
  undefined columns selected