cadena difusa que coincide con grep
Estoy tratando de hacer coincidir filas en un archivo que contiene una cadena, por ejemploACTGGGTAAACTA
. Si lo hago
grep "ACTGGGTAAACTA" file
Me da filas que tienen coincidencias exactas. ¿Hay alguna manera de permitir cierto número de desajustes (sustituciones, inserciones o eliminaciones)? Por ejemplo, estoy buscando secuencias
Hasta 3 subtitulaciones permitidas como "AGTGGGTAACCAA", etc.
Inserciones / eliminaciones (que tienen una coincidencia parcial como "ACTGGGAAAATAAACTA" o "ACTAAACTA")