Me he encontrado con un problema donde instancia de funciona, y luego no. Entrar en detalles es difícil, pero creo que este podría ser el problema:

Leyendo esto:http://www.theserverside.com/news/thread.tss?thread_id=40229 (buscar Thread.currentThread), parece implicar que, incluso si los dos objetos son de la misma clase, si los pasa entre hilos con cargadores de clases diferentes, instancia de (e isAssignableFrom) podría fallar.

Esto ciertamente explicaría el comportamiento que estoy teniendo, pero me preguntaba si alguien podría verificarlo.

(Desearía que el artículo vinculado al comienzo de la discusión todavía estuviera disponible, pero no parece que lo esté).