He incluido un archivo JAR creado a partir de un proyecto de Android Eclipse, y lo estoy haciendo referencia en mi proyecto de Android Studio de la siguiente manera:

  compile files('libs/libraryproject.jar')

Esto funciona y puedo completar automáticamente las referencias de código. Cuando compilo el APK, todo está bien. Instalo y ejecuto, y luego recibo un error de def sin clase:

 java.lang.NoClassDefFoundError: com.android.canvas.CanvasContainer
            at com.app.MainActivity.onCreate(MainActivity.java:22)
            at android.app.Activity.performCreate(Activity.java:5231)
            at android.app.Instrumentation.callActivityOnCreate(Instrumentation.java:1087)
            at android.app.ActivityThread.performLaunchActivity(ActivityThread.java:2159)
            at android.app.ActivityThread.handleLaunchActivity(ActivityThread.java:2245)
            at android.app.ActivityThread.access$800(ActivityThread.java:135)
            at android.app.ActivityThread$H.handleMessage(ActivityThread.java:1196)
            at android.os.Handler.dispatchMessage(Handler.java:102)
            at android.os.Looper.loop(Looper.java:136)
            at android.app.ActivityThread.main(ActivityThread.java:5017)
            at java.lang.reflect.Method.invokeNative(Native Method)
            at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:515)
            at com.android.internal.os.ZygoteInit$MethodAndArgsCaller.run(ZygoteInit.java:779)
            at com.android.internal.os.ZygoteInit.main(ZygoteInit.java:595)
            at dalvik.system.NativeStart.main(Native Method)

Sin embargo, cuando descomprimo el APK y uso dexdump para ver el archivo classes.dex, veo que la clase anterior existe allí.

¿Por qué entonces obtengo este error de clase no encontrada en tiempo de ejecución?

Actualizar:

Gracias a la sugerencia de Chris, noté que anteriormente en los registros, mi clase CanvasContainer no podía vincularse debido a que no podía resolverseinterface 1990 'Lorg/cocos2dx/lib/Cocos2dxHelper$Cocos2dxHelperListener;'. Al parecer, parece que mi código de la biblioteca Cocos no se exporta como parte de mi JAR.