Tengo un par de aplicaciones agregadas en mi sitio web predeterminado en IIS8.5 (simplemente http en el puerto 80 IP = *)

Apuntan a diferentes rutas físicas (que no están anidadas) y esto funciona bien después de agregar dicha aplicación. Pero después de un tiempo, la ruta física de una de las aplicaciones cambia automáticamente a la ruta física de otra aplicación. ¿Por qué? He vaciado mi DNSCache y he eliminado y agregado la Aplicación una vez más, pero algo está cambiando la ruta física de mi configuración. ¿Qué podría estar haciendo esto? ¿Podría algo estar anulando la configuración de mi aplicación?