R no pudo asignar memoria en el procedimiento ff. ¿Cómo?
Estoy trabajando en una máquina Windows Server 2008 de 64 bits con procesador Intel Xeon y 24 GB de RAM. Tengo problemas para intentar leer un archivo TSV (delimitado por tabulaciones) en particular de 11 GB (> 24 millones de filas, 20 columnas). Mi compañera habitualread.table
me ha fallado Actualmente estoy probando el paqueteff
, a través de este procedimiento:
> df <- read.delim.ffdf(file = "data.tsv",
+ header = TRUE,
+ VERBOSE = TRUE,
+ first.rows = 1e3,
+ next.rows = 1e6,
+ na.strings = c("", NA),
+ colClasses = c("NUMERO_PROCESSO" = "factor"))
Lo cual funciona bien para aproximadamente 6 millones de registros, pero luego recibo un error, como puede ver:
read.table.ffdf 1..1000 (1000) csv-read=0.14sec ffdf-write=0.2sec
read.table.ffdf 1001..1001000 (1000000) csv-read=240.92sec ffdf-write=67.32sec
read.table.ffdf 1001001..2001000 (1000000) csv-read=179.15sec ffdf-write=94.13sec
read.table.ffdf 2001001..3001000 (1000000) csv-read=792.36sec ffdf-write=68.89sec
read.table.ffdf 3001001..4001000 (1000000) csv-read=192.57sec ffdf-write=83.26sec
read.table.ffdf 4001001..5001000 (1000000) csv-read=187.23sec ffdf-write=78.45sec
read.table.ffdf 5001001..6001000 (1000000) csv-read=193.91sec ffdf-write=94.01sec
read.table.ffdf 6001001..
Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, :
could not allocate memory (2048 Mb) in C function 'R_AllocStringBuffer'
Si no me equivoco, R se queja de falta de memoria para leer los datos, pero no fue elread...ffdf
procedimiento supone evitar el uso intensivo de memoria al leer datos? ¿Qué podría estar haciendo mal aquí?