No se puede encontrar la referencia 'xxx' en __init__.py - Python / Pycharm

Tengo un proyecto en Pycharm organizado de la siguiente manera:

-- Sources
   |--__init__.py
   |--Calculators
      |--__init__.py
      |--Filters.py
   |--Controllers
      |--__init__.py
      |--FiltersController.py
   |--Viewers
      |--__init__.py
      |--DataVisualization.py
   |--Models
      |--__init__.py
      |--Data

Todos mis __init__.py, excepto el que está arribaFuentes Son archivos en blanco. Recibo muchas advertencias de este tipo:

No se puede encontrar la referencia 'xxx' en __init__.py

Por ejemplo, miFiltros Controlador.py tiene este código:

import numpy.random as npr

bootstrap = npr.choice(image_base.data[max(0, x-2):x+3, max(0, y-2):y+3].flatten(), size=(3, 3), replace=True)

Y recibo esta advertencia:

No se puede encontrar la 'opción' de referencia en __init__.py

Estoy en Google preguntándome qué significa esto y qué debo hacer para codificar correctamente en Python.

Gracias de antemano.

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