Quiero hacer un clon de matriz multidimensional para poder jugar con la matriz de clones sin afectar la matriz principal.

Estoy usando la siguiente función para hacerlo:

Array.prototype.clone = function () { 
   var newArray = new Array(this.length);
     for(var i=0; i < this.length; i++ ){
        newArray[i] = this[i];
   }
   return newArray;
};

Pero el problema se debe a que está utilizando un prototipo de matriz, por lo que clonará toda mi matriz. Entonces, ¿puede alguien decirme cuál es la mejor manera de hacerlo?