Estoy usando Maven en mi aplicación independiente, y quiero empaquetar todas las dependencias en mi archivo JAR dentro de una carpeta de la biblioteca, como se menciona en una de las respuestas aquí:

¿Cómo puedo crear un JAR ejecutable con dependencias usando Maven?

Quiero que mi archivo JAR final tenga una carpeta de biblioteca que contenga las dependencias como archivos JAR, no como lo quemaven-shade-plugin que pone las dependencias en forma de carpetas como la jerarquía de Maven en la carpeta .m2.

Bueno, en realidad la configuración actual hace lo que quiero, pero tengo un problema con la carga de los archivos JAR al ejecutar la aplicación. No puedo cargar las clases.

Aquí está mi configuración:

<plugins>

    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
        <executions>
            <execution>
                <id>copy-dependencies</id>
                <phase>prepare-package</phase>
                <goals>
                    <goal>copy-dependencies</goal>
                </goals>
                <configuration>
                    <outputDirectory>${project.build.directory}/classes/lib</outputDirectory>
                    <overWriteReleases>false</overWriteReleases>
                    <overWriteSnapshots>false</overWriteSnapshots>
                    <overWriteIfNewer>true</overWriteIfNewer>
                </configuration>
            </execution>
        </executions>
    </plugin>

    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
        <configuration>
            <archive>
                <manifest>
                    <addClasspath>true</addClasspath>
                    <classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
                    <mainClass>com.myapp.MainClass</mainClass>
                </manifest>
            </archive>
        </configuration>
    </plugin>

    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
        <configuration>
            <source>1.6</source>
            <target>1.6</target>
        </configuration>
    </plugin>

    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
        <executions>
            <execution>
                <id>install</id>
                <phase>install</phase>
                <goals>
                    <goal>sources</goal>
                </goals>
            </execution>
        </executions>
    </plugin>

    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-resources-plugin</artifactId>
        <version>2.5</version>
        <configuration>
            <encoding>UTF-8</encoding>
        </configuration>
    </plugin>

</plugins>

El proyecto funciona bien desde Eclipse, y los archivos JAR se colocan en la carpeta de la biblioteca dentro de mi archivo JAR final como deseo, pero cuando ejecuto el archivo JAR final desde la carpeta de destino siempre obtengoClassNotFoundException:

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/springframework/context/ApplicationContext
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.springframework.context.ApplicationContext
        at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown Source)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Unknown Source)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
Could not find the main class: com.myapp.MainClass. Program will exit.

¿Cómo puedo solucionar esta excepción?