Acabo de agregar CocoaPods a mi proyecto actual en Xcode 5. Por supuesto, CocoaPods creó un espacio de trabajo y lo lancé en Xcode. Veo tanto mi proyecto como el proyecto Pods en el espacio de trabajo.

Mi proyecto ha estado bajo control de fuente (repositorio local de git + Bitbucket remoto) desde el primer día. Ahora quiero comprometerme y agregar las cosas del Pod, pero creo que mi repositorio es demasiado profundo en el espacio de trabajo; cuando trato de comprometerme (y he intentado varias confirmaciones para que el material del Pod se lleve) siempre se produce un error.

¿Cómo puedo agregar mis Pods a mi repositorio? ¿Tengo que eliminar el repositorio anterior y crear uno nuevo (git init) en el nivel del Espacio de trabajo? (Espero que no, porque no soy tan bueno con git y ya tengo muchos compromisos históricos en mi repositorio).