Sé que Mobile Safari no activará eventos mientras esté en "momentum" (-webkit-overflow-scrolling: touch;) scrolling. Pero esto no es completamente lo mismo, porque Safari maneja la entrada (parpadeando) de una entrada internamente.

<div id="container">
    <input type="text" />
    <div class="filling"></div>
</div>

#container {
    position: absolute;
    top: 20px;
    bottom: 20px;
    width: 50%;
    -webkit-overflow-scrolling: touch;
    overflow-y: auto;
    border: 1px solid black;
}

input {
    margin-top: 60vh;
}

.filling {
    height: 200vh;
}

Prueba este violín en tu dispositivo (enfoca la entrada y luego desplaza):https://jsfiddle.net/gabrielmaldi/n5pgedzv

El problema también ocurre cuando mantienes el dedo presionado (es decir, no solo cuando le das impulso y se suelta): el cursor no se desplaza.

Obviamente, no quiero desactivar el desplazamiento por desbordamiento, si no hay forma de arreglar el cursor para que se desplace correctamente, estaría bien ocultarlo.

Gracias