ambos son gratuitos, pero creo que el glassfish tiene alguna limitación o cuando llegas a cierto número de usuarios (cometa), ¿tienes que pagar? ¿Es eso correcto?

Si es verdad, ¿podrías usar Tomcat como un servidor de cometas?

si no, ¿entonces qué servidores de cometas libres soportan el sondeo largo y el iframe?