Convertir swf comprimido a mp4

Estoy buscando un script por lotes para convertir swf a mp4, sin pérdidas. Intenté usar tanto ffmpeg como handbrake, pero aparentemente swf está comprimido y no puedo convertirlos de esta manera.

ffmpeg -i input -c:v libx264 -preset ultrafast -qp 0 output.mkv

HandBrakeCLI -i source -o destination

Sé que puedo usar una herramienta como xilisoft, pero tengo más de 3000 videos y necesitaría ejecutar esto automáticamente. ¿Hay algún script / algoritmo que pueda ayudarme a automatizar este proceso?

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