Utilizo Cython para envolver el código C ++ y exponerlo a Python para el trabajo interactivo. Mi problema es que necesito leer gráficos grandes (varios gigabytes) del archivo y terminan dos veces en la memoria. ¿Alguien puede ayudarme a diagnosticar y resolver este problema?

Mi envoltorio Cython para la clase de gráficos se ve así:

cdef extern from "../src/graph/Graph.h":
    cdef cppclass _Graph "Graph":
        _Graph() except +
        _Graph(count) except +
        count numberOfNodes() except +
        count numberOfEdges() except +


cdef class Graph:
    """An undirected, optionally weighted graph"""
    cdef _Graph _this

    def __cinit__(self, n=None):
        if n is not None:
            self._this = _Graph(n)

    # any _thisect which appears as a return type needs to implement setThis
    cdef setThis(self, _Graph other):
        #del self._this
        self._this = other
        return self

    def numberOfNodes(self):
        return self._this.numberOfNodes()

    def numberOfEdges(self):
        return self._this.numberOfEdges()

Si es necesario devolver un gráfico de Python, debe crearse vacío y luegosetThis método se utiliza para establecer el nativo_Graph ejemplo. Esto sucede, por ejemplo, cuando unGraph Se lee del archivo. Este es el trabajo de esta clase:

cdef extern from "../src/io/METISGraphReader.h":
    cdef cppclass _METISGraphReader "METISGraphReader":
        _METISGraphReader() except +
        _Graph read(string path) except +

cdef class METISGraphReader:
    """ Reads the METIS adjacency file format [1]
        [1]: http://people.sc.fsu.edu/~jburkardt/data/metis_graph/metis_graph.html
    """
    cdef _METISGraphReader _this

    def read(self, path):
        pathbytes = path.encode("utf-8") # string needs to be converted to bytes, which are coerced to std::string
        return Graph(0).setThis(self._this.read(pathbytes))

El uso interactivo se ve así:

 >>> G = graphio.METISGraphReader().read("giant.metis.graph")

Después de que se realiza la lectura del archivo y se utiliza la memoria X GB, hay una fase en la que obviamente se realiza la copia y, a continuación, se utiliza la memoria 2X GB. Se libera toda la memoria cuandodel G se llama.

¿Dónde está mi error que hace que el gráfico se copie y exista dos veces en la memoria?