Yo uso este comando:

 rails g migration CreateJoinTableUserPloy user ploy

Y compruebo el archivo de migración:

    create_join_table :Users, :Posts do |t|
      #t.index [:user_id, :ploy_id]
      #t.index [:ploy_id, :user_id]
    end

Hay 2 índices que se comentan por defualt.

Entonces ejecuto este comando:

rake db:migrate

Entonces reviso mi estructura de base de datos

Y no he visto la clave principal, ¿significa que unirse a la tabla no es necesario agregar índice y clave principal en la estructura de la base de datos?