¿Es posible trazar los componentes suaves de un juego en ggplot2?
Estoy ajustando un modelo usandogam
desde elmgcv
empacar y almacenar el resultado enmodel
y hasta ahora he estado mirando los componentes lisos utilizandoplot(model)
. Recientemente he empezado a usar ggplot2 y me gusta su salida. Así que me pregunto, ¿es posible trazar estos gráficos usando ggplot2?
Aquí hay un ejemplo:
x1 = rnorm(1000)
x2 = rnorm(1000)
n = rpois(1000, exp(x1) + x2^2)
model = gam(n ~ s(x1, k=10) + s(x2, k=20), family="poisson")
plot(model, rug=FALSE, select=1)
plot(model, rug=FALSE, select=2)
Y estoy interesado ens(x1, k=10)
ys(x2, k=20)
no en el ajuste.
Respuesta parcial:
Cavé más profundo enplot.gam
ymgcv:::plot.mgcv.smooth
y construí mi propia función que extrae los efectos predichos y los errores estándar de los componentes suaves. No maneja todas las opciones y casos deplot.gam
así que solo lo considero una solución parcial, pero funciona bien para mí.
EvaluateSmooths = function(model, select=NULL, x=NULL, n=100) {
if (is.null(select)) {
select = 1:length(model$smooth)
}
do.call(rbind, lapply(select, function(i) {
smooth = model$smooth[[i]]
data = model$model
if (is.null(x)) {
min = min(data[smooth$term])
max = max(data[smooth$term])
x = seq(min, max, length=n)
}
if (smooth$by == "NA") {
by.level = "NA"
} else {
by.level = smooth$by.level
}
range = data.frame(x=x, by=by.level)
names(range) = c(smooth$term, smooth$by)
mat = PredictMat(smooth, range)
par = smooth$first.para:smooth$last.para
y = mat %*% model$coefficients[par]
se = sqrt(rowSums(
(mat %*% model$Vp[par, par, drop = FALSE]) * mat
))
return(data.frame(
label=smooth$label
, x.var=smooth$term
, x.val=x
, by.var=smooth$by
, by.val=by.level
, value = y
, se = se
))
}))
}
Esto devuelve un marco de datos "fundido" con los componentes suaves, por lo que ahora es posible utilizarggplot
con el ejemplo anterior:
smooths = EvaluateSmooths(model)
ggplot(smooths, aes(x.val, value)) +
geom_line() +
geom_line(aes(y=value + 2*se), linetype="dashed") +
geom_line(aes(y=value - 2*se), linetype="dashed") +
facet_grid(. ~ x.var)
Si alguien sabe un paquete que permite esto en el caso general, estaría muy agradecido.