Subdominio vs. subdirectorio en programación web.

Existen dos estrategias principales para manejar múltiples "aplicaciones" en la web:

subdominios (por ejemplo, wiki.example.org, blog.example.org, admin.example.org, api.example.org/v1)subdirs (por ejemplo, example.org/wiki, example.org/blog, example.org/admin, example.org/api/v1)

¿Cuáles son las diferencias (ventajas y desventajas) de estas dos soluciones cuando se trata de la programación web (por ejemplo, en términos de organización de códigos, modelos de seguridad de navegadores, javascript, etc.).

Edit: CW ya que hay una respuesta correcta, pero es muy amplia.

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