Git "no puede determinar la ruta absoluta del directorio git"

Soy un git newbie y tengo problemas para obtener la última versión de un proyecto remoto:

S:\dev\prj\myprj [master]> git pull
/usr/libexec/git-core/git-sh-setup: line 266: cd: .git: No such file or directory
Unable to determine absolute path of git directory

Estuvo funcionando bien hasta hoy y, extrañamente, no creo que haya cambiado nada desde que funcionó bien por última vez.

Esto está en Windows 7. Mi proyecto está en una unidad cifrada (S :) y git está en C:

S:\dev\prj\myprj [master]> git --exec-path    
C:\Users\matt\AppData\Local\GitHub\PortableGit_656cc1ef6d04f06ddf8b2f5bedbac921caed3b62/libexec/git-core

Manualmente, hacer un cd en el directorio exec funciona bien (aunque existen tipos de barras mixtas).

¿Alguna idea de cómo empezar a trabajar lo que ha ido mal?

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