He estado buscando clasificar una matriz interna específica en una colección, uso doctrine-mongodb-bundle en symfony2. Mi colección :

"page":
{
    "_id": "56rgt46rt54h68rt4h6"
    "categories":
    [{
        "_id": "2g56rt1h65rt165165erg4"
        "products":[
            {"name":"A", "pos": 2},
            {"name":"B", "pos": 7},
            {"name":"C", "pos": 1},
            {"name":"D", "pos": 5}
        ]
    }]
}

Ojala tuviera :

"page":
{
    "_id": "56rgt46rt54h68rt4h6"
    "categories":
    [{
        "_id": "2g56rt1h65rt165165erg4"
        "products":[
            {"name":"C", "pos": 1},
            {"name":"A", "pos": 2},
            {"name":"D", "pos": 5},
            {"name":"B", "pos": 7}
        ]
    }]
}

Y mis entidades:

/**
 * @MongoDB\EmbeddedDocument
 */
class Category
{
    /**
     * @MongoDB\Id(strategy="auto")
     */
    protected $id;

    /**
     * @MongoDB\String
     */
    protected $name;

    /** @MongoDB\EmbedMany(targetDocument="\Document\Product") */
    private $products = array();
}

/**
 * @MongoDB\EmbeddedDocument
 */
class Product
{
    /**
     * @MongoDB\Int
     */
    protected $pos;

    /**
     * @MongoDB\String
     */
    protected $name;
}

Soy nuevo en DoctrineMongoDBBundle, tal vez no sea una buena idea acumular una matriz interna (EmbedMany), y sería mejor tener varias colecciones. Y así guardar la referencia.