Estoy tratando de hacer un juego como simon:http://www.freegames.ws/games/kidsgames/simon/simon.htm#

Estoy haciendo una escala más pequeña con solo 2 botones. Quiero que el color cambie entre 2 botones, button1 y button2. Esto está en un hilo porque necesito hacer clic en los botones mientras esto sucede. Cuando abro el programa, el color del botón permanece como está.

¡Gracias por la ayuda de antemano!

import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.Container;
import java.awt.FlowLayout;

import javax.swing.*;

public class TestFrame extends JFrame{

    public JButton button1; 
    public JButton button2;

    boolean isTrue = true;
    boolean switchColor = true;

    TestFrame(){
        super("Simon");
        initialize();

        this.setSize(200, 400);
        this.setVisible(true);
    }

    private void initialize() {
         this.setLayout(new BorderLayout()); 

        button1 = new JButton();
        button1.setBackground(Color.green);
        button1.setSize(200,200);

        button2 = new JButton();
        button2.setSize(200, 200);
        button2.setBackground(Color.blue);

        this.add(button1, BorderLayout.NORTH);
        this.add(button2, BorderLayout.SOUTH);
        Thread t = new Thread(r1);
        t.start();

    }
    Runnable r1 = new Runnable() {
        public void run() {
            while(isTrue){
            if(switchColor = true){
                button1.setBackground(Color.blue);
                button2.setBackground(Color.green);
                try {
                    Thread.sleep(500);
                } catch (InterruptedException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
                refresh();
                switchColor = false;
            } else {
                button1.setBackground(Color.green);
                button2.setBackground(Color.blue);
                try {
                    Thread.sleep(500);
                } catch (InterruptedException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
                refresh();

                switchColor = true;
                }
            }

        }
    };

    public void refresh(){
        this.invalidate();
        this.validate();
        this.repaint();
    }

}