Reescritura de archivos: una línea es mayor que el tamaño máximo de la variable. Solución?

Necesito reemplazar una sola línea en un archivo. En general, este código funciona bien:

(Los detalles específicos de lo que está haciendo este bloque no son necesarios para esta pregunta).

for /F "tokens=1* delims=:" %%a in ('findstr /N "^" %DATA%') do (
    if %%a equ %TargetLine% (
        echo !insert!>>%filepath%cc.tmp
    ) else (
        if [%%b]==[] (echo.>>%filepath%cc.tmp) else (echo %%b>>%filepath%cc.tmp)
    )
)

Desafortunadamente, cada línea se asigna a %% a, que al igual que cualquier otra variable solo puede almacenar una longitud máxima de 8,192 caracteres (gracias dbenham por esa tidbid, se usa ahora).

Entonces, ¿qué opciones tengo cuando la línea es mayor que 8,192 caracteres (23,708 en este caso)?

Antes de preguntar: No, no se puede separar en una nueva línea, es una matriz JSON de 10k codificada en Base64 que luego se escribe en un ByteArray.

Supongo que el camino a seguir es usar expresiones regulares, ¿es esta la suposición correcta o hay otra solución?

Gracias.

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