PCA Scaling con ggbiplot
Estoy tratando de trazar un análisis de componentes principales utilizandoprcomp
yggbiplot
. Recibo valores de datos fuera del círculo de la unidad y no he podido volver a escalar los datos antes de llamarprcomp
de tal manera que pueda restringir los datos al círculo unitario.
data(wine)
require(ggbiplot)
wine.pca=prcomp(wine[,1:3],scale.=TRUE)
ggbiplot(wine.pca,obs.scale = 1,
var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
Intenté escalar restando la media y dividiendo por desviación estándar antes de llamarprcomp
:
wine2=wine[,1:3]
mean=apply(wine2,2,mean)
sd=apply(wine2,2,mean)
for(i in 1:ncol(wine2)){
wine2[,i]=(wine2[,i]-mean[i])/sd[i]
}
wine2.pca=prcomp(wine2,scale.=TRUE)
ggbiplot(wine2.pca,obs.scale=1,
var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
ggbiplot
paquete instalado de la siguiente manera:
require(devtools)
install_github('ggbiplot','vqv')
Salida de cualquier fragmento de código:
Según el comentario de @Brian Hanson a continuación, agrego una imagen adicional que refleja la salida que estoy tratando de obtener.