Por lo que he entendido hasta ahora, cada vez que dibujo algo en el drawRect: de una vista de usuario, todo el contexto se borra y luego se vuelve a dibujar.

Así que tengo que hacer algo como esto para dibujar una serie de puntos:

Método A: dibujar todo en cada llamada

- (void)drawRect:(CGRect)rect { 

    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();

    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);      //draw the mask
    CGContextClipToMask(context, self.bounds, maskRef);     //respect alpha mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);  //set blending mode

    for (Drop *drop in myPoints) {
        CGContextAddEllipseInRect(context, CGRectMake(drop.point.x - drop.size/2, drop.point.y - drop.size/2, drop.size, drop.size));
    }

    CGContextSetRGBFillColor(context, 0.5, 0.0, 0.0, 0.8);
    CGContextFillPath(context);
}

Lo que significa que tengo que almacenar todos mis puntos (eso está bien) y volver a dibujarlos todos, uno por uno, cada vez que quiera agregar uno nuevo. Desafortunadamente, esto da mi terrible desempeño y estoy seguro de que hay otra forma de hacerlo de manera más eficiente.

EDITAR: usando el código de MrMage hice lo siguiente, que desafortunadamente es tan lento y la combinación de colores no funciona. ¿Algún otro método que pueda probar?

Método B: guardar los dibujos anteriores en un UIImage y solo dibujar las cosas nuevas y esta imagen

- (void)drawRect:(CGRect)rect
{
    //draw on top of the previous stuff
    UIGraphicsBeginImageContext(self.frame.size);
    CGContextRef ctx = UIGraphicsGetCurrentContext(); // ctx is now the image's context
    [cachedImage drawAtPoint:CGPointZero];
    if ([myPoints count] > 0)
    {
        Drop *drop = [myPoints objectAtIndex:[myPoints count]-1];
        CGContextClipToMask(ctx, self.bounds, maskRef);         //respect alpha mask
        CGContextAddEllipseInRect(ctx, CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize));
        CGContextSetRGBFillColor(ctx, 0.5, 0.0, 0.0, 1.0);
        CGContextFillPath(ctx);
    }
    [cachedImage release];
    cachedImage = [UIGraphicsGetImageFromCurrentImageContext() retain];
    UIGraphicsEndImageContext();

    //draw on the current context   
    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();
    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);          //draw the mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);      //set blending mode
    [cachedImage drawAtPoint:CGPointZero];                      //draw the cached image
}

EDITAR: Después de todo, combiné uno de los métodos mencionados a continuación con el redibujado solo en el nuevo rect. El resultado es:MÉTODO RÁPIDO:

- (void)addDotAt:(CGPoint)point
{
    if ([myPoints count] < kMaxPoints) {
        Drop *drop = [[[Drop alloc] init] autorelease];
        drop.point = point;
        [myPoints addObject:drop];
        [self setNeedsDisplayInRect:CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize)];      //redraw
    }
}

- (void)drawRect:(CGRect)rect
{
    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();

    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);                                              //draw the mask
    CGContextClipToMask(context, self.bounds, maskRef);                                             //respect alpha mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);                                          //set blending mode

    if ([myPoints count] > 0)
    {
        Drop *drop = [myPoints objectAtIndex:[myPoints count]-1];
        CGPathAddEllipseInRect (dotsPath, NULL, CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize));
    }
    CGContextAddPath(context, dotsPath);

    CGContextSetRGBFillColor(context, 0.5, 0.0, 0.0, 1.0);
    CGContextFillPath(context);
}

¡Gracias a todos!