¿Puedo esperar una aceleración al usar FFTW (http://www.fftw.org/) en lugar del cvDFT de OpenCV (http://goo.gl/YCHj0)?

El tiempo de ejecución de mi programa está fuertemente determinado por la aplicación de DFT inversa y hacia adelante y estoy pensando en usar FFTW en lugar de OpenCV cvDFT.

IIRC FFTW hace algún tipo de "compilación en tiempo de ejecución" mientras que cvDFT es una implementación simple de FFT, así que supongo que podría acelerar un poco mi procesamiento.

Así que antes de intentarlo por mi cuenta, pensé en preguntar aquí por si alguien tropezó con la misma pregunta y la resolvió antes.

Gracias por adelantado