Estoy escribiendo un script php donde llamo

$lines = file('base_list.txt');

para dividir un archivo en una matriz. El archivo tiene más de 100,000 líneas, lo que debería ser 100,000 elementos en la matriz, pero cuando ejecuto

print_r($lines);
exit;

la matriz solo contiene 7280 elementos.

¿Así que tengo curiosidad, WTF? ¿Hay un límite en la cantidad de claves que puede tener una matriz? Estoy ejecutando esto localmente en un 2.0GHz de doble núcleo con 2 GB de RAM (Vista e IIS, aunque); así que estoy un poco confundido de cómo un archivo de 4MB podría arrojar resultados como este.

Edit: Probablemente debería haber mencionado que también había establecido memory_limit a 512MB en php.ini también.