Si no configuro nada programáticamente y solo llamoConfiguration configuration = new Configuration().configure(); y use hibernate.properties (como se muestra a continuación), todo funciona muy bien. Tan pronto como trato de proporcionar el nombre de usuario, la contraseña y la url de conexión programáticamente, recibo unas Excepciones extrañas, insinuando el archivo hbm. Qué me estoy perdiendo ?

Esto funciona

hibernate.connection.driver_class=com.mysql.jdbc.Driver
hibernate.connection.url=jdbc:mysql://myEC2/mCruiseOnServerDB?autoReconnect=true&failOverReadOnly=false&maxReconnects=10
hsqldb.write_delay_millis=0
shutdown=true
hibernate.connection.username=root
hibernate.connection.password=mypwd
hibernate.connection.pool_size=2
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect
hibernate.c3p0.idle_test_period=300
hibernate.c3p0.timeout=120

Según la recomendación de @Kshitij. Haciendo un modo mixto.

Las propiedades de hibernación. ahora es

hibernate.connection.driver_class=com.mysql.jdbc.Driver
hsqldb.write_delay_millis=0
shutdown=true
hibernate.connection.pool_size=2
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect

El código

String connection = "jdbc:mysql://"
            + Globals.DBSERVER
            + "/mCruiseOnServerDB?autoReconnect=true&failOverReadOnly=false&maxReconnects=10";
        Configuration configuration = new Configuration()   
            .setProperty("hibernate.connection.url", connection)                                
            .setProperty("hibernate.connection.username", Globals.DB_USER_NAME)     
            .setProperty("hibernate.connection.password", Globals.DB_PASSWORD);
        configuration.configure();

        sessionFactory = configuration
                .buildSessionFactory(new ServiceRegistryBuilder()
            .buildServiceRegistry());

La excepción

Ahora tengo esta excepción, una por cadamapping resource entrada en mi archivo hbm.

11 May 2013 08:46:31,969 1300 [main] FATAL ReadOnlyOperations  - Have chosen to ignore this runtime exception java.lang.UnsupportedOperationException: The application must supply JDBC connections, may be fatal, examine this carefully
11 May 2013 08:46:31,969 1300 [main] FATAL ReadOnlyOperations  - java.lang.UnsupportedOperationException: The application must supply JDBC connections

Resumen

Si uso todohibernate.properties y ningún código (no .setProperty en el código) todo funciona muy bien. Si uso partehibernate.properties y código de parte (servidor, nombre de usuario, contraseña) Recibo errores en la hbm para cada propiedad de mapeo.

Necesito a alguien que me ayude a descubrir lo que me estoy perdiendo. Debe ser algo realmente básico.