¿La forma más rápida de poner a cero los valores bajos en la matriz?

Entonces, digamos que tengo 100,000 arreglos flotantes con 100 elementos cada uno. Necesito el número X más alto de valores, PERO solo si son mayores que Y. Cualquier elemento que no coincida con esto debe establecerse en 0. ¿Cuál sería la forma más rápida de hacerlo en Python? El orden debe mantenerse. La mayoría de los elementos ya están establecidos en 0.

variables de muestra:

array = [.06, .25, 0, .15, .5, 0, 0, 0.04, 0, 0]
highCountX = 3
lowValY = .1

Resultado Esperado:

array = [0, .25, 0, .15, .5, 0, 0, 0, 0, 0]

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