Así que recientemente actualicé Visual Studio 2012 a la Actualización 2. He aquí que, la próxima vez que publique mi aplicación (a través de Publicación de archivos en este caso) me doy cuenta de que hay tres nuevas opciones:

Eliminar todos los archivos existentes antes de publicarPrecompilar durante la publicación (con un enlace para configurar)Excluir archivos de la carpeta App_Data

La primera y la tercera opción se explican por sí mismas, pero no puedo encontrar ninguna documentación sobre la segunda opción, ya que se aplica a MVC. Cuando lo verifico, no parece haber ningún cambio en los archivos producidos en el sitio y no veo ningún cambio real en el rendimiento.