He realizado algunas mediciones y debería ser una onda sinusoidal amortiguada, pero no puedo encontrar información sobre cómo hacer (si es posible) una buena onda sinusoidal amortiguada con la herramienta de ajuste de curvas de Matlab.

Esto es lo que obtengo al usar una "spline Smoothing":

Imagen http://s21.postimg.org/yznumla1h/damped.png.

Editar 1: Esto es lo que obtuve usando la opción de "ecuación personalizada":

Editar 2: He subido los datos apastebin en formato csv donde la primera columna es la amplitud y la segunda es la hora.