Hice una primera puñalada en una función Rcpp a través deinline y resolvió mi problema de velocidad (gracias Dirk!):R: Reemplazo de valores negativos por cero

La versión inicial se veía así:

library(inline)
cpp_if_src <- '
  Rcpp::NumericVector xa(a);
  int n_xa = xa.size();
  for(int i=0; i < n_xa; i++) {
    if(xa[i]<0) xa[i] = 0;
  }
  return xa;
'
cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")

Pero cuando se llamacpp_if(p)se sobrescribióp Con la salida, que no fue la prevista. Así que asumí que estaba pasando por referencia.

Así que lo arreglé con la siguiente versión:

library(inline)
cpp_if_src <- '
  Rcpp::NumericVector xa(a);
  int n_xa = xa.size();
  Rcpp::NumericVector xr(a);
  for(int i=0; i < n_xa; i++) {
    if(xr[i]<0) xr[i] = 0;
  }
  return xr;
'
cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")

Lo que parecía funcionar. Pero ahora la versión original ya no sobrescribe su entrada cuando la recargo en R (es decir, el mismo código exacto no sobrescribe su entrada):

> cpp_if_src <- '
+   Rcpp::NumericVector xa(a);
+   int n_xa = xa.size();
+   for(int i=0; i < n_xa; i++) {
+     if(xa[i]<0) xa[i] = 0;
+   }
+   return xa;
+ '
> cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")
> 
> p
 [1] -5 -4 -3 -2 -1  0  1  2  3  4  5
> cpp_if(p)
 [1] 0 0 0 0 0 0 1 2 3 4 5
> p
 [1] -5 -4 -3 -2 -1  0  1  2  3  4  5

No soy el único que ha intentado replicar este comportamiento y ha encontrado resultados inconsistentes:

http://chat.stackoverflow.com/transcript/message/4357344#4357344

¿Que está pasando aqui?