matriz 2D numpy- ¿Cómo mejorar el rendimiento en este caso?
Llegué a saber que el número es lento para los accesos de elementos individuales para una matriz muy grande. La siguiente parte del código tarda aproximadamente 7-8 minutos en ejecutarse. El tamaño de la matriz es de aproximadamente 3000 * 3000.
import numpy as np
................
................
ArrayLength=len(Coordinates)
AdjMatrix=np.zeros((len(Angles),len(Angles)))
for x in range(0, Arraylength):
for y in range(x+1, Arraylength-x):
distance=Distance(Coordinates[x],Coordinates[y)
if(distance<=radius)
AdjMatrix[x][y]=distance
AdjMatrix[y][x]=distance
Básicamente, estoy tratando de construir una matriz de adyacencia para un gráfico que consta de unos 3000 nodos. ¿Puede alguien ayudarme a hacer esta manera de numpy? ¿O alguna alternativa?
Edición: Aquí está la función Distancia ()
Def Distance(p1,p2):
distance=np.sqrt(np.square(p1[0]-p2[0])+np.square(p1[1]-p2[1]))
return distance
Por cierto, estoy pasando las coordenadas como tuplas. Como en p [0] = coordenada x y p [1] = coordenada y.