De modo que sigo leyendo que la manipulación de jQuery desde un controlador es una mala práctica, pero no tengo claro por qué ni cómo corregirlo.

A continuación se muestra el código de un tutorial de Youtube que incluso los comentarios del creador del video es una mala idea, pero no explica por qué y sigue utilizando el mal comportamiento de todos modos.

Desdehttps://www.youtube.com/watch?v=ilCH2Euobz0#t=553s :

$scope.delete = function() {
    var id = this.todo.Id;
    Todo.delete({id: id}, function() {
        $('todo_' + id).fadeOut();
    });
};

SOLUCIÓN:

Basándome en la respuesta de Langdon a continuación, he llegado al siguiente código de trabajo para mi propio trabajo, que se deriva ligeramente del código de ejemplo anterior:

var ProjectListCtrl = function ($scope, Project) {
    $scope.projects = Project.query();
    $scope.delete = function() {
        var thisElem = this;
        var thisProject = thisElem.project;
        var id = thisProject.id;
        Project.delete({id: id}, function() {
            var idx = $scope.projects.indexOf(thisProject);
            if (idx !== -1) {
                thisElem.destroy('removeItem('+idx+')');
            }
        });
    }

    $scope.removeItem = function(idx) {
        $scope.projects.splice(idx, 1);
    }

}

app.directive('fadeOnDestroy', function() {
    return function(scope, elem) {
        scope.destroy = function(funcComplete) {
            elem.fadeOut({
                complete: function() {
                    scope.$apply(funcComplete)
                }
            });
        }
    }
});

Esto difiere de la respuesta de Langdon de varias maneras. Quería evitar agregar un parámetro a langClick devolución de llamada, así que lo estoy almacenando enthisProject. Además, el ejemplo y mi código debe llamardestroy desde dentro de un$http devolución de llamada de éxito por lo que en lugar dethis que ya no es relevante, estoy almacenando el elemento pulsado enthisElem.

ACTUALIZACIÓN 2:

Actualicé mi solución aún más para reflejar que funcComplete en realidad no estaba modificando el alcance original de $.