Creé un Makefile.in donde leí el contenido de un archivo y lo pasé a CFLAGS. Llamando a ./configure ... el Makefile se generará y todo funcionará bien.

Makefile.in: 
... 
MY_REVISION_FILE=my-revision.txt 
MY_REVISION=$(shell cat $(top_srcdir)/$(MY_REVISION_FILE)) 
AM_CFLAGS = -I$(EXTRAS_INCLUDE_DIR) -I$(top_srcdir) -DMY_REVISION=$(MY_REVISION) 
... 

El problema surge una vez que moví el código Makefile.in a Makefile.am para permitir la generación automática de Makefile.in. Al llamar a autoreconf -i --force se detiene con el siguiente error:

server/Makefile.am:9: cat $(top_srcdir: non-POSIX variable name 
server/Makefile.am:9: (probably a GNU make extension) 
autoreconf: automake failed with exit status: 1 

Este problema me persigue desde hace bastante tiempo. Busqué en todas partes, pero no encontré nada que pudiera ayudarme a encontrar una solución para eso. En resumen, lo único que necesito es una forma de obtener un texto no interpretado como "$ (shell cat $ (top_srcdir) / $ (MY_REVISION_FILE))" copiado de Makefile.am a Makefile.in

¿Alguna idea?

Gracias Oliver