He estado usando elextract función de laraster paquete para extraer datos de archivos ráster usando un área definida por shapefiles. Sin embargo, estoy teniendo problemas con la cantidad de memoria que este proceso requiere ahora. Tengo un gran número de shapefiles (~ 1000). Los archivos raster son grandes (~ 1.6gb)

Mi proceso es:

shp <- mclapply(list.files(pattern="*.shp",full.names=TRUE), readShapePoly,mc.cores=6)
ndvi <- raster("NDVI.dat")
mc<- function(y) {
temp <- gUnionCascaded(y)
extract <- extract(ndvi,temp)
mean <- range(extract, na.rm=T )[1:2]
leng <- length(output)
}
output <- lapply(shp, mc)

¿Hay algún cambio que pueda hacer para reducir la carga de memoria? Intenté cargar menos shapefiles que funcionaron durante aproximadamente 5 minutos antes de que la memoria se disparara de nuevo. Es una computadora de cuatro núcleos de 2,4 GHz con 8 GB de RAM