Un día entero he intentado mucho obtener todas las coincidencias relacionadas (con la función matchtemplate) en la subimagen, que es el ROI que ya extraje de la imagen original con la función mousecallback. Así que mi código está abajo para la función de emparejamiento

 ////Matching Function
void CTemplate_MatchDlg::OnBnTemplatematch()
 {

  namedWindow("reference",CV_WINDOW_AUTOSIZE);    
   while(true)
   { 

 Mat ref = imread("img.jpg");                    //  Original Image   
 mod_ref = cvCreateMat(ref.rows,ref.cols,CV_32F);// resizing the image to fit in picture box
 resize(ref,mod_ref,Size(),0.5,0.5,CV_INTER_AREA);

   Mat tpl =imread("Template.jpg"); // TEMPLATE IMAGE  

  cvSetMouseCallback("reference",find_mouseHandler,0);

  Mat aim=roiImg1.clone(); // SUB_IMAGE FROM ORIGINALIMAGE                   
                               // aim variable contains the ROI matrix
                               // next, want to perform template matching in that ROI                                                //                                     and display results on original image 


     if(select_flag1 == 1)
    {

        // imshow("ref",aim);

        Mat res(aim.rows-tpl.rows+1, aim.cols-tpl.cols+1,CV_32FC1);
                    matchTemplate(aim, tpl, res, CV_TM_CCOEFF_NORMED);
        threshold(res, res, 0.8, 1., CV_THRESH_TOZERO);

     while (1) 
   {
    double minval, maxval, threshold = 0.8;
    Point minloc, maxloc;
    minMaxLoc(res, &minval, &maxval, &minloc, &maxloc);

   //// Draw Bound boxes for detected templates in sub matrix

    if (maxval >= threshold)
     {
        rectangle(
            aim, 
            maxloc, 
            Point(maxloc.x + tpl.cols, maxloc.y + tpl.rows), 
            CV_RGB(0,255,0), 1,8,0
        );
        floodFill(res, maxloc, cv::Scalar(0), 0, cv::Scalar(.1), cv::Scalar(1.));
          }else
        break;
        }
     }
            ////Bounding box for ROI  selection with mouse

      rectangle(mod_ref, rect2, CV_RGB(255, 0, 0), 1, 8, 0);  // rect2 is ROI 
                       // my idea is to get all the matches in ROI with bounding boxes
                       // no need to mark any matches outside the ROI  
                       //Clearly i want to process only ROI  

    imshow("reference", mod_ref); // show the image with the results 
    waitKey(10);
    }
 //cvReleaseMat(&mod_ref);
 destroyWindow("reference");


}

/// ImplementMouse Call Back

void find_mouseHandler(int event, int x, int y, int flags, void* param)

{
if (event == CV_EVENT_LBUTTONDOWN && !drag)
{
    /* left button clicked. ROI selection begins*/
    point1 = Point(x, y);
    drag = 1;

}

if (event == CV_EVENT_MOUSEMOVE && drag)
{
    /* mouse dragged. ROI being selected*/ 
    Mat img3 = mod_ref.clone();
    point2 = Point(x, y);
    rectangle(img3, point1, point2, CV_RGB(255, 0, 0), 1, 8, 0);
    imshow("reference", img3);

    //  
}

if (event == CV_EVENT_LBUTTONUP && drag)
{

    Mat img4=mod_ref.clone();
            point2 = Point(x, y);
    rect1 = Rect(point1.x,point1.y,x-point1.x,y-point1.y);
            drag = 0;
    roiImg1 = mod_ref(rect1);  //SUB_IMAGE MATRIX
        imshow("reference", img4);
}

if (event == CV_EVENT_LBUTTONUP)
{
   /* ROI selected */
    select_flag1 = 1;
    drag = 0;
}
}

Proceso de construcción y depuración exitosamente realizado. Pero, cuando hago clic en el botón Match en el diálogo, aparece el error:

Unhandled exception at 0x74bf812f in Match.exe: Microsoft C++ exception: cv::Exception at memory location 0x001ae150.. 

Así que mi idea es obtener todas las coincidencias en la subimagen cuando se compara con la IMAGEN DE PLANTILLA y mostrar el resultado final (coincidencias con cuadros delimitadores) en la IMAGEN ORIGINAL.

Cualquiera que me ayude en este sentido !! ¡¡La ayuda sería apreciada grandemente !!