PHP - Reemplazar el color dentro de la imagen

Espero que alguien pueda ayudar,

He hecho un script que enmascara las imágenes ... sin embargo, depende de un color para enmascarar con (estilo 'pantalla verde'). El problema es que si la imagen que estoy ocultando contiene ese color, se arruina.

Lo que busco hacer es antes de enmascarar la imagen para reemplazar cualquier ocurrencia de mi color de incrustación (0,0255) con un color similar, como el 0,0,254.

He encontrado algunas soluciones basadas en gif o PNG de 256 colores a medida que se indexan.

Entonces, mi pregunta es si será más eficiente convertirlo en un gif o 256 png, luego mirar a través del índice y reemplazar el color o buscar a través de cada píxel y reemplazar los colores.

Gracias,

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