Estoy usando Entity Framework 4.3 Code First con un inicializador de base de datos personalizado como este:

public class MyContext : DbContext
{
    public MyContext()
    {
        Database.SetInitializer(new MyContextInitializer());
    }
}

public class MyContextInitializer : CreateDatabaseIfNotExists<MyContext>
{
    protected override void Seed(MyContext context)
    {
        // Add defaults to certain tables in the database

        base.Seed(context);
    }
}

Cada vez que mi modelo cambia, edito mis POCO y asignaciones manualmente y actualizo mi base de datos manualmente.

Cuando vuelvo a ejecutar mi aplicación, recibo este error:

Error del servidor en la aplicación '/'.El modelo que respalda el contexto 'MyContext' ha cambiado desde que se creó la base de datos. Considere el uso de Code First Migrations para actualizar la base de datos (http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=238269).

Descripción: Se produjo una excepción no controlada durante la ejecución de la solicitud web actual. Revise el seguimiento de la pila para obtener más información sobre el error y dónde se originó en el código.

Detalles de la excepción: System.InvalidOperationException: el modelo que respalda el contexto 'MyContext' ha cambiado desde que se creó la base de datos. Considere el uso de Code First Migrations para actualizar la base de datos (http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=238269).

Al usar EFProfiler, también me doy cuenta de que estas consultas se están ejecutando:

-- statement #1
SELECT [GroupBy1].[A1] AS [C1]
FROM   (SELECT COUNT(1) AS [A1]
        FROM   [dbo].[__MigrationHistory] AS [Extent1]) AS [GroupBy1]

-- statement #2
SELECT TOP (1) [Project1].[C1]          AS [C1],
               [Project1].[MigrationId] AS [MigrationId],
               [Project1].[Model]       AS [Model]
FROM   (SELECT [Extent1].[MigrationId] AS [MigrationId],
               [Extent1].[CreatedOn]   AS [CreatedOn],
               [Extent1].[Model]       AS [Model],
               1                       AS [C1]
        FROM   [dbo].[__MigrationHistory] AS [Extent1]) AS [Project1]
ORDER  BY [Project1].[CreatedOn] DESC

¿Cómo puedo prevenir esto?