Eclipse modifica server.xml cada vez que ejecuta el proyecto (Ejecutar -> Ejecutar en el servidor)

Estoy usando Tomcat 7 en Eclipse Juno. Utilizo los metadatos del área de trabajo como ubicación del servidor (consulte las configuraciones de mi Tomcat a continuación).

También tengo unProyecto de servidor en eclipse [consulte la imagen a continuación] con server.xml separado y otros archivos de configuración.

Normalmente funciona bien. El problema se produjo después de que cambié el server.xml (en el proyecto eclipse) para las configuraciones SSL.

Las configuraciones están funcionando bien. Pero cada vez que ejecuto el proyecto (Ejecutar -> Ejecutar en servidor) server.xml se modifica a la versión predeterminada. Faltan mis cambios SSL personalizados.

También intenté cambiar server.xml en la ubicación de instalación de Tomcat (C: \ apache-tomcat-7.0.35 \ conf), pero no seleccioné desde eclipse.

¿Alguien puede ayudarme en esto?

Gracias

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