Escribí una función simple:

myfunction <- function(fileName, stringsAsFactors=TRUE,                 
                   check.names=FALSE,               
                   skip =1,...) {
Data <- read.delim(fileName, skip = skip,                     
                 stringsAsFactors=stringsAsFactors,                      
                 check.names = check.names, ...)                   
cb    <- list()                       
Index <- as.numeric(as.factor(Data[,1]))              
cb    <-  cbind(Data, Index)              
return(cb)           

}

Esta función toma la primera columna del archivo llamado Datos, crea un Índice de acuerdo con esa primera columna y luego une el Archivo de Datos y el índice creado. Esta función se aplicará en el archivo denominado:myfile_00.txt, myfile_01.txt y así sucesivamente .. Para un solo archivo se ve así:

myfunction (fileName = "myfile_00.txt")
myfunction (fileName = "myfile_01.txt")
.......        

Tengo alrededor de 1000 archivos, así que supongo que el bucle puede ser el de otra publicación:

mytxt  <- dir(pattern=".txt")      
n      <- length(mytxt)      
mylist <- vector("list", n)   
for(i in 1:n) {
    mylist[[i]] <- read.delim(mytxt[i], header = F, skip = 1)
}

entonces:

d <- lapply(mylist, myfunction)

Desafortunadamente no funciona ... Al usarlapply se produce un error:

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
'file' must be a character string or connection

Como soy nuevo en R, probablemente estoy cometiendo errores que no puedo resolver. ¿Alguien puede ayudarme por favor?

Mejor,

F.