¿Cuál es la mejor práctica para colocar múltiples proyectos en un repositorio de git?

Por alguna razón, solo tengoun repositorio usar.
Pero tengomúltiples proyectos inclusojava proyectos,php scripts yAndroid proyectos de aplicaciones.

Ahora mi problema es, tengo que ponerlos a diferentessubcarpetas dentro del repositorio
Yo uso diferentes IDEs, sabes, cada IDE puede tener un espacio de trabajo de sí mismo.

¿Quién puede decirme una mejor práctica para resolver el problema?

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