Hago una serie de parches así.

node.shape = RegularPolygon((node.posX, node.posY),
                            6,
                radius = node.radius,
                                    edgecolor = 'none',
                                    facecolor = node.fillColor,
                                    zorder = node.zorder)

node.brushShape = RegularPolygon((node.posX, node.posY),
                            6,
                node.radius * 0.8,
                linewidth = 3,
                                    edgecolor = (1,1,1),
                                    facecolor = 'none',
                                    zorder = node.zorder)

Y originalmente solo los estaba poniendo directamente en mi eje de esta manera -

self.plotAxes.add_artist(node.shape)
self.plotAxes.add_artist(node.brushShape)

Eso funcionó bien. Pero ahora quiero ponerlos en un PatchCollection y poner ese PatchCollection en el eje. Sin embargo, cuando hago eso, todas mis formas son solo azules. No entiendo cómo simplemente poner en una colección está cambiando el color de alguna manera. ¿Puede alguien ayudarme con lo que necesito hacer para mantener los valores de color que ingrese como el color de la cara para los parches?

El nuevo código es -

node.shape = RegularPolygon((node.posX, node.posY),
                        6,
            radius = node.radius,
                                edgecolor = 'none',
                                facecolor = node.fillColor,
                                zorder = node.zorder)

node.brushShape = RegularPolygon((node.posX, node.posY),
                        6,
            node.radius * 0.8,
            linewidth = 3,
                                edgecolor = (1,1,1),
                                facecolor = 'none',
                                zorder = node.zorder)

self.patches.append(node.shape)
self.patches.append(node.brushShape)


self.p = PatchCollection(self.patches) 
self.plotAxes.add_collection(self.p)