Varios archivos package.json en un paquete

Tengo un sitio que se ejecuta en php que utiliza Node para algunas tareas de desarrollo. Actualmente, nuestro equipo confía en Puppet para instalar los módulos de nodo que usamos para estas tareas de desarrollo, sin embargo, estaba pensando en cambiarme a usar un archivo package.json en la raíz del sitio.

Mi problema es este:

Mi aplicación php es en realidad 3 sitios separados que hemos mezclado en uno (1 sitio público, 1 sitio interno, 1 sitio cliente) y es probable que algunas instalaciones de la aplicación dependan de diferentes paquetes de nodos (o diferentes versiones de el mismo pacakge). Si bien sé que sería bueno separar estas aplicaciones y hacer que cada una maneje sus propias dependencias, aparte de esto, ¿hay alguna forma de tener varios archivos package.json en un sitio?

En otras palabras:

/package.json
/site1/package.json
/site2/package.json
/site3/package.json

O quizás, ¿hay alguna manera de que un paquete.json maneje las dependencias de más de una aplicación?

No sé si esto tiene sentido, hazme saber si estoy en el campo izquierdo aquí. ¡Gracias!

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